雙氧水不適合傷口消毒，因為產生羥基自由基，會殺死新生的組織細胞，并引發或加強炎癥反應。濃度不高的雙氧水可以用于完好皮膚的消毒，但起效較慢，不如酒精和碘伏。用完后要清洗，不可入眼，不可吞咽。

嚴格來說，雙氧水的消毒過程，應該被稱為“殺菌”。分解傷口的各種球菌污物或者病原菌，其功效非過氧化氫莫屬了。但是也需要注意用量和濃度，濃度為3，不然會導致灼傷，量也切勿太多。傷口會擴大是正常的，只不過是附近的感染組織和壞死的皮質被分解了。不同于以前的紫藥水，只要控制好使用雙氧水，傷口并不會變得更嚴重。